El Árbol de la Ciencia. Ciencia y Religión

La ciencia es uno de los conceptos más importantes de este libro y lo acompaña a lo largo de sus siete partes: a veces siendo discutida abiertamente, otras contrapuesta a la religión y en algunos casos está presente detrás de los hechos.

En el primer capítulo del libro Hurtado indaga en la ciencia y la filosofía mediante libros de distintos autores. Algunos de ellos le causan poca impresión o hasta le desagradan mientras otros le marcan durante todo el libro y mediante los cuales empieza a desarrollar su propia forma de pensar. Durante el proceso de la descripción de algunos personajes Baroja aprovecha para criticar la ciencia o la religión de la época. Por ejemplo en su descripción de su primer profesor se queja de que esté deja de lado la ciencia para impresionar a sus alumnos con sus experimentitos y cuando habla de los dos curas del hospital resalta que uno de ellos ha dejado la religión para dedicarse a la medicina y el otro comete vulgaridades a diestro y siniestro.

La parte importante llega en la cuarta parte del libro donde Andrés discute ávidamente con su tío Iturrioz sobre ciencia y religión, entre otras cosas. Allí Hurtado defiende que la ciencia es impenetrable y acabará por dominarlo todo por mucho que la religión lleve, intentado derribarla, desde el principio de los tiempos. Más tarde se produce la contraposición más importante del libro y es la basada en los dos Árboles del paraíso descritos en el Génesis: el de la Ciencia y el de la Vida. Allí hurtado se burla de las palabras de Dios para Adán y Eva introduciendo la manera de pensar de Kant que ensalza el Árbol de la Ciencia pero pide mantener una rama del Árbol de la Vida: la de la libertad, la responsabilidad y el derecho que permiten perspectivas al hombre.

Finalmente en el último capítulo del libro durante el dramático final hay una dura crítica escondida contra la mal desarrollada ciencia de la España de aquel momento. Ambas muertes, tanto el nacimiento del bebé muerto como la muerte de Lulú durante el parto, se hubieran podido evitar si la ciencia hubiese sido más moderna, moderna como la de Alemania o la de Francia pero al estar ellos en España no se pudo hacer nada. Pero en cambio el suicidio de Andrés, rápido e indoloro gracias a los avances de la ciencia es un argumento que utiliza para lanzar un mensaje final, un grito desesperado que lleva arrastrando durante toda la obra: "La ciencia es el remedio contra todos los males que azotan al país".